โดยทั่วไปการรักษารากฟันจะใช้เวลาประมาณ 1-2 ครั้ง (ขึ้นกับสภาพการติดเชื้อที่เป็นอยู่) ระยะเวลาห่างกันประมาณ 1-2 สัปดาห์ หลังจากที่ผู้ป่วยมารักษารากฟันในแต่ละครั้ง ขั้นตอนการรักษารากฟันก็จะมีวิธีการ ดังนี้

1. ก่อนการลงมือรักษารากฟัน ทันตแพทย์จะทำถ่ายภาพเอกซเรย์ฟันซี่ที่จะทำการรักษา เพื่อให้เห็นภาพของรากฟันบริเวณที่ได้รับความเสียหายได้อย่างชัดเจน รวมถึงพิจารณาว่ามีการติดเชื้อรอบ ๆ กระดูกบริเวณดังกล่าวหรือไม่
2. ฉีดยาชาเฉพาะที่ในกรณีที่จำเป็น เพื่อให้บริเวณดังกล่าวไร้ความรู้สึก และไม่เกิดความรู้สึกเจ็บหรือระคายเคืองระหว่างการรักษารากฟัน
3. ใส่แผ่นยางกั้นน้ำลายไว้รอบฟันซี่ที่จะรักษารากฟัน เพื่อให้บริเวณดังกล่าวสะอาด และยังเป็นการป้องกันอุบัติเหตุที่อาจเกิดจากวัสดุที่ใช้รักษาหรือน้ำยาล้างคลองรากฟันไหลลงคอผู้ป่วย
4. เจาะตรงส่วนบนของฟันกำจัดรอยผุและเปิดช่องเข้าสู่โพรงประสาทฟันและรากฟัน
5. ล้างทำความสะอาดและใช้เครื่องมือขยายโพรงประสาทฟันให้กว้างขึ้น เพื่อให้สามารถเติมเต็มช่องว่างนี้ได้ง่าย ซึ่งฟันแต่ละซี่มีรากฟันจำนวนไม่เท่ากันอาจมีตั้งแต่ 1-4 ราก ยิ่งมีจำนวนรากมากก็จะมีความยุ่งยากซับซ้อนมากขึ้น
6. ถ้าต้องมีการพบทันตแพทย์มากกว่า 1 ครั้ง จะใส่ยาฆ่าเชื้อในคลองรากฟันและอุดฟันชั่วคราวปิดโพรงฟันไว้
7. เมื่อคลองรากฟันสะอาดดีแล้ว ทันตแพทย์จะทำการอุดรากฟันโดยใช้วัสดุที่ เรียกว่า Gutta-percha  เติมลงไปที่คลองรากเพื่อให้โพรงประสาทฟันปิดสนิทและป้องกันไม่ให้เกิดการติดเชื้อซ้ำ
8. ในขั้นตอนสุดท้าย คือการทำครอบฟันเพื่อป้องกันฟันแตกในอนาคตและเป็นการบูรณะฟันให้กลับมาทำหน้าที่ได้ตามปกติ